確認検査業務について、行政の建築主事のみならず、必要な審査能力を備える公平中立な民間機関（指定確認検査機関）も行うことができます。
この機関の指定は、東京都の区域でのみ確認検査業務を行う機関については、都知事、関東地方整備局の管轄区域（茨城県、栃木県、群馬県、埼玉県、千葉県、東京都、神奈川県、山梨県、長野県、静岡県）で確認検査の業務を行う機関については、関東地方整備局長、二以上の地方整備局の管轄区域で確認検査の業務を行う機関については、国土交通大臣が指定を行っています。
東京都で指定している機関は、下記のとおりです。
（令和２年１１月現在）
| 指定の番号 | 東京都知事第１号 |
| 名称 | 公益財団法人東京都防災・建築まちづくりセンター |
| 住所及び確認検査 業務を行う事務所 の所在地 |
新宿区西新宿七丁目七番三十号小田急西新宿Ｏ‐ＰＬＡＣＥ三階 |
| 業務区域 | 東京都の全域 |
| 指定の有効期間 | 令和２年６月２４日から５年間 |
| 取り扱う業務 | すべての建築物及び工作物の建築確認、完了検査、中間検査、仮使用認定。 すべての建築設備の建築確認、完了検査、中間検査。 |